因為手術有很多吻合處，有機會出現滲漏，而且手術後病人可能攝取不足基本營養，有可能需要長期服用營養補充劑。優點是減肥的效果較快，也比較不容易復胖。

　　這個手術由於效果較胃隔間手術好，雖然手術風險較高，在1990年代以後逐漸成為美國減肥手術的主流。目前美國的減肥手術70％為胃繞道手術，是美國減肥手術的黃金標准。目前此種手術已是美國減肥手術的首選。

　　【手術方法】

　　將胃用吻合器切除分隔為二部分後，僅保留胃上部極小部份的胃囊(約15～30cc)來重建。在正常情況下，食物由食道進入胃，經十二指腸通往小腸，小腸負責吸收養分。胃繞道手術是把小腸切斷，剩下一小截的小腸接連到胃上部的小胃囊，吃下的食物一下子便到達小腸，由於胃容量縮小，且小腸縮短，營養吸收減少，因此更能快速達到減肥效果。但未能吸收的食物很快排出體外，所以接受胃繞道手術的病人很容易出現腹瀉。

　　【缺點】

　　這裡單說蛋白質的消化吸收，正常情況下，咀嚼後的食物，是要經過胃的蠕動、研磨與胃液充分混合，在胃酸、胃蛋白酶和胰蛋白酶及小腸致活酶等的共同作用下，蛋白質逐漸分解為多肽，再分解為小分子肽，最後分解為氨基酸，才能吸收到血液中。

　　然而，當大部分胃與腸上段被曠置後，這一消化過程幾乎不存在，食物中的蛋白未分解成氨基酸就進入了大腸被排瀉出體外，這樣就會造成蛋白質流失。而且，體內原有的蛋白不斷更新分解，出現合成原料不足，分解繼續進行的負氮平衡狀態，這會導致多器官衰退衰竭。

　　在胃繞道減肥手術後，大約有26～70％的病患會發生維他命B12不足，造成巨球性貧血、血小板不足、白血球不足及舌炎，大部分的病患無法透過口服的補給品補給維他命B12，而是需要每個月肌肉注射1000微克的維他命。

　　另外也有報導指出口服、舌下或是鼻噴劑的補充就足夠。胃繞道減肥手術發生葉酸缺乏的比率大約35％，維他命B12的缺乏也會造成葉酸的吸收不足，而葉酸不足也會造成巨球性貧血、血小板不足、白血球不足及舌炎，每日口服1毫克的葉酸即可作為葉酸不足的補充，葉酸的補充，對接受過胃繞道減肥手術的懷孕婦女尤其重要，母體的葉酸不足會造成胎兒神經系統的發育障礙。

　　除上述維他命及礦物質外，尚有脂溶性維他命（A、D、E、K）吸收不良，維他命A在胃繞道減肥手術後發生比率約10％，甚至造成夜盲症，因此補充維他命A是必要的；維他命D的缺乏較少見；多食用含有維他命B1的食物包含谷類、瘦肉及豆類，或是肌肉注射補充維他命B1，即可預防Wernicke-Korsakoff氏症。