人的腸道分大腸(包括盲腸、結腸和直腸)和小腸兩種。大腸的主要功能是吸收水分和貯存糞便。大腸分泌的消化酶很少，卻含大量的細菌。

　　細菌將大腸內食物殘渣中的植物纖維和糖類，分解後產生乳酸、醋酸、二氧化碳和沼氣等；將脂肪分解成脂肪酸、甘油和膽鹼，細菌對蛋白質的分解稱為腐敗作用，可產生氨基酸、胺類和具有惡臭的一些物質如吲哚、硫化氫和糞臭素等，其中部分物質吸收入血液後對人體有毒，這就是大腸毒素的來源。

　　洗腸，也就是清除這些毒素，使其不被人類吸收。這就是洗腸能排毒的理論根據。

　　但是，人體的排毒途徑是多方面的，並非僅僅是從腸道排出糞便這一條。人體幾乎所有的細胞都會有一些分解毒物，對抗氧自由基的解毒系統，其中肝髒是解毒的最重要髒器。

　　血中有毒物質，經肝髒一系列的解毒化學反應後，變成低毒甚至無毒的物質，經腸道或尿道排出體外，腎髒是體內最重要的排毒髒器，體內毒物隨尿液排出體外(所以要多喝水多排尿)。皮膚也可以通過出汗方式排出毒素。與腎髒相比，腸道的排毒作用就顯得十分微小。

　　一個人若幾天不排尿，則會生命垂危；而幾天不排便，只要肝功能正常，腸內毒素不會危及生命。此外，腸道內有大量的細菌群菌群之間相互依存，相互制約，起著天然防御屏障作用的生態環境，以對抗致病菌的繁殖和作祟。

　　人為洗腸，會破壞腸腔這一防御屏障的生態平衡，導致腸道菌群失調，使致病菌乘虛而入，引起腸道感染，“洗腸”在醫學上叫“灌腸”，偶爾一用，是治療便秘，使其排出積儲多日的堅硬如石的糞塊。這是一種治療方法，必須嚴格掌握適應證，由醫護人員實施，也只能偶爾一用，不提倡經常灌腸。